Museum Batam Raja Ali Haji berdiri di jantung Kota Batam sebagai wujud komitmen menjaga jejak sejarah dan warisan budaya daerah. Bangunan megah yang kini menjadi museum ini awalnya merupakan astaka Musabaqah Tilawatil Quran (MTQ) Nasional ke-25 yang diselenggarakan pada tahun 2014. Usai perhelatan akbar tersebut, bangunan diserahkan oleh Pemerintah Provinsi Kepulauan Riau kepada Pemerintah Kota Batam untuk dimanfaatkan sebagai sarana pelestarian budaya.
Gagasan pendirian museum mulai menguat pada awal tahun 2019. Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Kota Batam menyusun Pokok Pikiran Kebudayaan Daerah (PPKD) sebagai dasar pengajuan ke Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan. Hasilnya, pada 31 Juli 2019, Museum Batam resmi terdaftar secara nasional. Selanjutnya, pada 10 Oktober 2019, Wali Kota Batam menetapkan nama Museum Batam Raja Ali Haji, mengabadikan nama pujangga besar Melayu yang karya-karyanya menjadi tonggak penting sejarah dan sastra Nusantara.
Proses renovasi dan penataan koleksi dilakukan secara bertahap. Akhirnya, pada 18 Desember 2020, bertepatan dengan Hari Jadi Batam ke-191, museum resmi dibuka untuk umum. Momen pembukaan diwarnai dengan peluncuran sketsa wajah Raja Isa bin Raja Ali (Nong Isa), tokoh penting dalam sejarah Batam, oleh Wali Kota Batam Muhammad Rudi.
Sejak itu, Museum Batam Raja Ali Haji terus berkembang. Koleksi yang dipamerkan mencakup berbagai periode sejarah, mulai dari masa Kesultanan Riau-Lingga, era penjajahan Belanda, masa Temenggung Abdul Jamal, pendudukan Jepang, proklamasi kemerdekaan Indonesia, hingga perkembangan Batam modern di bawah Otorita Batam dan kepemimpinan B.J. Habibie. Penambahan koleksi terus dilakukan, termasuk meriam peninggalan Belanda yang disumbangkan oleh masyarakat Belakang Padang.
Di era digital, museum mengadopsi teknologi modern untuk memberikan pengalaman interaktif. Setiap koleksi dilengkapi QR Code yang dapat dipindai oleh pengunjung untuk mendapatkan informasi detail tentang artefak tersebut. Inovasi ini menjadikan Museum Batam Raja Ali Haji tidak hanya sebagai tempat penyimpanan benda bersejarah, tetapi juga sebagai pusat edukasi yang interaktif dan inklusif.
Kini, dengan sertifikat Tipe B dari Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi, Museum Batam Raja Ali Haji menjadi salah satu rujukan pengelolaan museum di Indonesia. Kehadirannya bukan hanya menjaga ingatan kolektif masyarakat, tetapi juga menginspirasi generasi masa depan untuk mengenal, menghargai, dan melestarikan sejarah serta budaya Batam.