Museum Batam Raja Ali Haji berdiri di jantung Kota Batam sebagai wujud komitmen dalam melestarikan sejarah dan warisan budaya daerah. Bangunan museum ini sebelumnya merupakan astaka Musabaqah Tilawatil Quran (MTQ) Nasional ke-25 tahun 2014, yang kemudian dialihfungsikan menjadi ruang edukasi dan pelestarian budaya oleh Pemerintah Kota Batam.
Pendirian museum mulai dirintis pada tahun 2019 melalui penyusunan Pokok Pikiran Kebudayaan Daerah (PPKD) oleh Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Kota Batam. Museum ini resmi terdaftar secara nasional pada 31 Juli 2019, dan pada 10 Oktober 2019 ditetapkan nama Museum Batam Raja Ali Haji, untuk menghormati jasa Raja Ali Haji sebagai tokoh penting dalam sejarah dan sastra Melayu.
Setelah melalui proses renovasi dan penataan koleksi, museum resmi dibuka untuk umum pada 18 Desember 2020, bertepatan dengan Hari Jadi Batam ke-191. Sejak saat itu, museum terus berkembang sebagai pusat informasi sejarah Batam dan kawasan sekitarnya.
Koleksi yang ditampilkan mencakup berbagai periode penting, mulai dari masa Kesultanan Riau-Lingga, era kolonial, pendudukan Jepang, hingga perkembangan Batam modern. Museum juga terus memperkaya koleksinya melalui partisipasi masyarakat.
Sebagai museum yang adaptif terhadap perkembangan zaman, Museum Batam Raja Ali Haji menghadirkan teknologi digital interaktif, seperti penggunaan QR Code pada koleksi untuk memberikan informasi yang lebih mendalam kepada pengunjung.
Dengan status sebagai museum Tipe B dari Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi, Museum Batam Raja Ali Haji tidak hanya berfungsi sebagai tempat penyimpanan benda bersejarah, tetapi juga sebagai pusat edukasi, pelestarian, dan inspirasi bagi generasi masa kini dan mendatang.